Müezzin Mahfili, müezzinin namaz ve diğer ibadetler sırasında üst kısma çıkarak dua okuduğu ve kıble ekseniyle aynı hizadaki bölümdür. Ayasofya'da, III. Murad Dönemi'nde ana mekânın doğusuna büyük Müezzin Mahfili yapılmış, mekânın çok büyük ve cemaatin kalabalık olması nedeniyle, yapı içersine 4 Müezzin Mahfili daha eklenmiştir.

Ana yapı ile uyum içinde olan Müezzin Mahfilleri, 16. yüzyıl Osmanlı mermer sanat işçiliğinin en güzel örneklerini yansıtmaktadır.